ジュニアドクター育成塾は、将来の優れた理系人材を育成するための事業です。舞鶴高専は、令和元年度から令和5年度まで、この事業に採択されて北近畿地方の児童生徒の育成を行ってきました（詳細はこちら）。

令和7年度からは、新たに中谷財団からの助成を受け、「新・ジュニアドクター育成塾」として、才能を開花させる機会を待つ北近畿地方の中学生の皆さんに、科学技術との触れ合いや、高度な研究課題への取り組みの機会を提供することで、北近畿から、未来の科学技術イノベーターの卵を育てます。